Projets terminés

H2020 EPPN2020 (contrat 731013) : European Plant Phenotyping Network 2020 (2017-2021)

• Responsable local : Pascal Neveu
• https://eppn2020.plant-phenotyping.eu 
• L'unité MISTEA est en charge du Work Package JRA3 "Système d'information". Le rôle de MISTEA dans EPPN2020 est de coordonner et d'implémenter les systèmes d'information des plateformes de phénotypage végétal à haut débit en conditions contrôlées.  Il s'agit prioritairement de proposer des méthodologies qui favorisent la production et la valorisation d'ensembles de données FAIR.

H2020 EMPHASIS-PREP (contrat 739514) : Preparation for EMPHASIS: European Infrastructure for multi-scale Plant Phenomics and Simulation for food security in a changing climate (2017-2021)

• Responsable local : Pascal Neveu
• https://emphasis.plant-phenotyping.eu
• Le rôle de MISTEA dans Emphasis-Prep est de concevoir et d'implémenter les services de data management adaptés à l’infrastructure européenne de phénotypage végétal à haut débit. Ces services concernent la FAIRification des données en particulier : l’identification, l'accès à des ressources sémantiques, les protocoles de publication de données, etc.

H2020 BigDataGrapes (contrat 780751) : Big Data to Enable Global Disruption of the Grapevine-powered Industries (2018-2020)

• Responsable local : Pascal Neveu
• https://www.bigdatagrapes.eu
• Le rôle de MISTEA était d'une part de participer aux développements méthodologiques concernant la structuration, l'analyse et la valorisation du Big data de la filère viti-vinicole et d'autre part d'assurer les liens vers les sources données et les acteurs de la filière.

H2020 AGINFRA PLUS (contrat 731001) : Accelerating user-driven e-infrastructure innovation in Food Agriculture (2017-2019)

• Responsable local : Pascal Neveu
• https://plus.aginfra.eu
• L'UMR MISTEA était en charge du Work Package Food Security avec comme objectifs de formaliser les besoins des communautés "Plant Sciences", de prendre part à la conception et au développement de services orientés données et enfin de valider ces services auprès de groupes représentatifs des communautés scientifiques autour de la sécurité alimentaire.

ANR ANSWER (contrat ANR-16-CE32-0009) : Analysis and Numerical Simulation of Water Ecosystems in Response to anthropogenic environmental changes – ANSWER (2017-2021)

• Responsable local : Céline Casenave
• https://www6.inrae.fr/anr-answer
• Le rôle de MISTEA dans ANSWER est de d'une part de coordonner le projet puisque MISTEA est le porteur du projet côté français. D'autre part, les membres de MISTEA interviennent dans les travaux de modélisation et de simulation de l'écosystème lacustre et dans les travaux de calibration des modèles.

PIA ANR - Fondation Agropolis Labex AGRO (Projet COEX) : Gouvernance adaptative de la coexistence des systèmes de gestion de la diversité (2017-2021)

• Responsable local : Nicolas Verzelen
• https://www.agropolis-fondation.fr/CoEX?lang=fr
• Le rôle de MISTEA dans COEX est de mettre au point des outils statistiques afin d'analyser des inventaires de diversité cultivée et des réseaux d'échanges de semences en Afrique de l'Ouest.

FUI - Bpifrance NV2 : Piloter l’azote de la vigne à la cave pour maîtriser le profil organoleptique des vins (2017-2021)

• Responsable local : Bénédicte Fontez
• https://www.itk.fr/projets-recherche-developpement/nv2
• Le rôle de MISTEA dans NV2 est d'extraire des connaissances à partir des données d'expérimentation pour contribuer à la conception d'outils d'aide à la décision (ou de recommandation) et pour participer à la modélisation des processus de rendement et de qualité de la baie de raisin.

PIA ANR #DigitAg / Bourse de thèse : Modélisation et visualisation des liens entre cinétiques de variables agro-environnementales et qualité des produits dans une approche parcimonieuse bayésienne (2017-2021)

• Responsable local : Bénédicte Fontez
• https://www.hdigitag.fr/fr/paroles-de-doctorants-girault-bogue-gnanguenon-guesse-modelisation-visualisation-liens-entre-cinetiques-variables-agro-environnementales-et-qualite-produits-approche-parcimonieuse-bayesienne

PIA ANR Labex Numev / projet GRADOPTI : Optimisation du modèle du gradostat pour la production de biogaz (2020-2021)

• Participant local : Alain Rapaport
• MISTEA coordonne le projet GRADOPTI financé par le Labex Numev dont l'objectif est l'optimisation de réseaux de bioréacteurs interconnectés pour maximiser la production de biogaz dans les procédés de traitement biologiques des ressources en eau. Ce projet a permis de financer le séjour sabbatique du Prof. Joshua Taaylor de l'Univ. de Toronto (Canada).

PIA ANR Labex Numev / projet IrrigOP : Commande optimale pour l’irrigation des cultures en situation de quota hydrique (2021)

• Participant local : Sébastien Roux
• Le rôle de MISTEA dans IrrigOP est d'appliquer les outils de la commande optimale au problème d'irrigation des cultures.

PIA ANR Labex Numev / Bourse de thèse : Couplage et réduction de modèles hydro-écologiques pour la simulation d’écosystèmes aquatiques d’eau douce (2018-2021)

• Participant local : Céline Casenave
• Ce financement a permis de co-financer la thèse de Joseph Luis Kahn Casapia, l'autre demi-bourse de thèse étant issu du projet ANR ANSWER.

CAS - Agreenskills EU Program : Modelling and simulation of the toxic blooms dynamics of cyanobacterial population of the Lake Taihu (2014-2015)

• Responsable local : Céline Casenave
• https://www.agreenskills.eu/layout/set/print/Fellows-Labs/Fellows-Alumni2/Celine-Casenave
• Le rôle de MISTEA est de développer un modèle hydroécologique 3D pour la simulation de la prolifération des cyanobactéries dans le lac Taihu, le troisième plus grand lac de Chine.

ANR THERMOMIC : Un cadre thermodynamique pour la modélisation de la croissance et des dynamiques microbiennes (2017-2021)

• Participant local : Alain Rapaport
• https://anr.fr/Projet-ANR-16-CE04-0003
• MISTEA contribue avec le LBE au projet ANR THERMOMIC qui vise à développer un cadre théorique pour modéliser la cinétique de croissance microbienne à partir des principes physiques de la thermodynamique, et à évaluer son potentiel pour des applications d'ingénierie environnementale.

France-Agrimer et CNIV TraDéVi : Trajectoires de dépérissement des vignobles (2017-2021)

• Participant local: Meili Baragatti
• https://www.plan-deperissement-vigne.fr/recherches/programmes-de-recherche/tradevi

EU FP7 CAFE (contrat 212754) : Computer-aided food processes for control engineering (2008-2013)

• Responsable local : Pascal Neveu
• https://cordis.europa.eu/project/id/212754/results
• Le rôle de MISTEA dans CAFE est de concevoir des stratégies de commande en temps réel adaptées à des systèmes dont les entrées sont contraintes les unes par rapport aux autres. L'objet d'application est un fermenteur continu multi-étagé développé par l'UMR SPO qui permet d'étudier les levures impliquées dans la fermentation alcoolique en les stabilisant dans un état physiologique donné.

ANR SoilMicro3D (Projet-ANR-15-CE01-0006) : Propriétés émergentes des fonctions microbiennes dans les sols : Identification de descripteurs spatiaux de la structure du sol à partir de modélisations 3D à l'échelle des habitats microbiens - Soilµ-3D (2015-2020)

• Responsable local : Alain Rapaport
• https://www6.inrae.fr/soilmicro3D
• MISTEA est partenaire de ce projet ANR portant sur la modélisation et la simulation numérique de l'activité microbienne des sols et le rôle de la structure spatiale du sol sur le fonctionnement de écosystème microbien, notamment en termes d'émission de gaz à effet de serre dans un contexte de changement climatique. Ce projet a financé la thèse d'Alexandre Coche co encadrée par Jean-Raynald de Dreuzy (Géosciences Rennes) et Alain Rapaport (MISTEA).

ANR DISCO (contrat ANR-AAP215-SYSCOMM-2009) : Modélisation multi-échelles du COuplage bioDiversité Structure dans les biofilms (2009-2013)

• Responsable local : Alain Rapaport
• https://sites.google.com/site/anrdisco/reports
• MISTEA est le coordinateur de ce projet, dont l'objectif est de développer et d'étudier des modèles computationnels et mathématiques de la dynamique des biofilms, par une approche de modélisation multi-échelle, prenant en compte la biodiversité (distribution des espèces de bactéries) et la structure spatiale. DISCO a financé le postdoc de Chloé Deygout.

ANR DIMINOS : Lien  entre  la  diversité  microbienne  et  le  turn-over des matières organiques dans les sols agricoles (2008-2013)

• Responsable local : Alain Rapaport
• https://anr.fr/Projet-ANR-08-STRA-0006
• MISTEA est partenaire ce projet dont l’objectif principal est de progresser dans la compréhension de l’écologie fonctionnelle des acteurs microbiens impliqués dans la dégradation des matières organiques du sol et permettre la mise au point d’outils d’aide à la décision pour définir des pratiques agricoles permettant de "produire mieux et polluer moins".

FEDER - OSEO PILOTYPE : Outils d'aide à la décision pour améliorer la compétitivité des vins à l'export (2011-2014)

• Responsable local : Nadine Hilgert
• http://vinnotec.supagro.inra.fr/public/Pl

PIA ANR #DigitAg / projet OPTI-REUSE : A digital Platform for the optimisation of water and nutrient ressources in agriculture, including treated waste water reuse (2018-2019)

• Responsable local : Alain Rapaport
• https://www.hdigitag.fr/fr/post-doc-nesrine-kalboussi-optimisation-des-ressources-en-eau-et-en-nutriments-en-agriculture-dont-les-eaux-usees-traitees/
• MISTEA est co-porteur de ce projet financé par #DigitAg et portant sur la modélisation et l'optimisation pour la réutilisation des eux pour l'agriculture, à l'aide de la théorie de la commande optimale pour les stratégies d'irrigation, et l'analyse de cycle de vie pour évaluer les impacts globaux. Le postdoc de Nesrine Kalboussi et la stage de Romane Saye on été pris en charge par le projet.

Hubert Curien PHC Belgique TOURNESOL : Apport de la modélisation pour la compréhension du fonctionnement des écosystèmes microbiens (2016-2018)

• Responsable local : Alain Rapaport
• MISTEA est coordinateur de ce projet France-Belgique portant sur la modélisation de bioprocédés, plus spécifiquement sur les mécanismes à l’origine des sur-rendements observés en fermentation, et à la reconstruction en temps réel des concentrations à partir de mesure de biogaz en batch.

 INRA Dép-EA / projet SENSICLIM : Approches innovantes pour analyser l’impact du climat et de ses composantes sur les modèles environnementaux (2017-2019)

• Responsable local : Sébastien Roux
• Le rôle de MISTEA dans SENSICLIM est de développer des méthodes d'analyse de sensibilité de modèles agronomiques en se focalisant sur les entrées climatiques de ces modèles. 

ANR GIGASSAT (contrat ANR-12-AGRO-0001-09) : Adaptation des écosystèmes ostréicoles au changement global (2012-2016)

• Responsable local: Patrice Loisel
• http://www.gigassat.org
• L'UMR MISTEA est responsable de la construction d'un modèle bioéconomique.

Fruition Sciences IDENOV : Intégration d'expertise et de données pour une nouvelle génération d'outils en viticulture (2014-2015)

• Responsable local : Nadine Hilgert

Programme Stic-Amsud MOSTICAW (contrat numcontrat+lien) : Modeling the Spread and (opTimal) Control of Arboviroses (2016-2017)

• Responsable local : Alain Rapaport
• MISTEA est un participant de ce projet internatuonal France-Amérique du Sud (MOdeling the Spread and (opTImal) Control of Arboviroses by Wolbachia) qui concerne une nouvelle méthode de contrôle de la dengue, et potentiellement d'autres maladies graves transmises par les moustiques Aedes (chikungunya, fièvre jaune). L'objectif du projet est d'élaborer et d'analyser des modèles connexes, ainsi que des stratégies de contrôle, dans le but de tester les concepts et d'estimer la faisabilité.

DYMECOS: DYnamical Microbial and Environmental eCOSystems (2009-2015)

• Responsable local : Alain Rapaport
• https://sites.google.com/site/eadymecos
• MISTEA est le coordinateur de cette équipe associée INRIA avec le Chili, dont le programme scientifique porte sur les représentations parcimonieuses de l'hétérogénéité spatiale en milieu liquide pour les bioprocédés naturels et industriels et le contrôle optimal pour le pilotage des bioprocédés.

INRA Métaprogramme ACCAF / projet LACCAVE : Impacts et adaptation de la filière Vigne et Vin au Changement climatique (2012-2016)

• Responsable local : Pascal Neveu
• https://www6.inrae.fr/laccave/Projet
• Financé par le méta-programme INRA ACCAF, l'objectif est l'étude des différentes solutions pour adapter au plus vite le vignoble français au changement climatique. Ce projet regroupe des partenaires de différentes disciplines (physiciens, généticiens, écophysiologistes, microbiologistes…) travaillant à différentes échelles. Notre rôle est de proposer des méthodes et outils pour traiter des ensembles de données à ces échelles.

INRA Métaprogramme ACCAF / projet APICC (APICC) : Adaptation of Pluri-Specific Systems to Climate Change (2012-2016)

• Responsable local : Patrice Loisel
• https://www.adaptation-changement-climatique.fr/centre-ressources/projets-recherche-onerc/apicc-adaptation-plurispecific-systems-climate-change

PIA ANR - Labex NUMEV / Contrat doctoral : Optimisation et prédiction de la production algale en polycultures: approches expérimentales et modélisation mathématique (2016-2019)

• Responsable local : Alain Rapaport
• MISTEA a obtenu le co-financement de la la thèse d'Emna Krichen par le Labex Numev et l'ADEME, qui porte sur l'optimisation et la prédiction de la production algale en polycultures à l'aide d'approches expérimentales et la modélisation mathématique. La thèse est  co-dirigée par Alain Rapaport (UMR MISTEA) et Eric Fouilland (UMR MARBEC).

PIA ANR - Labex NUMEV / Contrat Postdoctoral : Modélisation, simulation et optimisation de la recharge de lacs à l’aide d’eaux traitées (2017-2018)

• Responsable local : Alain Rapaport
• L'UMR MISTEA et l'équipe-projet INRIA LEMON ont obtenu le financement du postdoc de Maria Crespo qui porte sur la modélisation, la simulation et l'optimisation de l'hydrodynamique de grands réservoirs hydriques (lacs, lagunes) en vue de sa recharge (cas du lac de Jaunay). Le projet est mené en collaboration avec Vendée Eau et la SAUR.

PIA ANR - Agropolis Fondation Labex AGRO : Methods ands tools for decision support relating to sustainable management of babassu palm tree in pastures (2014-2017)

• Responsable local : Patrice Loisel

ANR FOR-WIND : Adaptation sylvicole et économique de l’aménagement forestier au risque vent (2012-2017)

• Responsable local : Patrice Loisel
• URL https://anr.fr/Projet-ANR-12-AGRO-0007
• L'UMR MISTEA réalise l'étude de l'impact du risque tempête.

INRA Dép-CEPIA : New perspectives for the Multi-Stage Continuous Fermentor (2013-2014)

• Responsable local : Céline Casenave
• URL: https://www1.montpellier.inra.fr/wp-inra/casenave/2010/09/20/ans
• Le rôle de MISTEA dans ce projet est d'étendre les travaux de commande du fermenteur continu multi-étagé développé dans le cadre du projet européen CAFE  aux cas de fermentations avec ajouts d'azote.

PIA ANR - Agropolis Fondation Labex AGRO / Projet ECOW : Ecological therories and Control methods for the Optimization of Wes-african AGroecosystems (2018-2019)

• Responsable local : Céline Casenave

• Le rôle de MISTEA dans ECOW est de proposer des stratégies de gestion adaptative des systèmes agro-sylvo-pastoraux d'Afrique de l'Ouest en utilisant des outils de la théorie de la commande. Ce projet a financé une partie de la thèse de Anne Bisson.

ARC INRIA VITELBIO : VIrtual TELuric BIOreactors (2008-2010)

• Responsable local : Alain Rapaport
• https://sites.google.com/site/vitelbio/Home
• VITELBIO est une action de recherche collaborative soutenue par INRIA et coordonnée par MISTEA, qui propose de définir et développer un modèle numérique de représentation spatiale des transferts réactifs du sol, sous forme de "bioréacteur virtuel à compartiments". 
  Un logiciel est développé conjointement avec la société ITK.

GIP ECOFOR ECO-RISQUES : Optimisation et viabilité de la gestion forestière en présence de risques (2013-2015)

• Responsable local : Patrice Loisel
• http://www.gip-ecofor.org/socioeco/index.php?sujet=reseau&ssmenu=proj
• L'UMR MISTEA conçois et développe le logiciel EvaSylv d’évaluation et d’optimisation de la sylviculture d’une parcelle en présence de risque tempête 

INRA Métaprogramme MEM / projet E-noc : Reverse-modeling of metagenome data for microbial resource management (2012-2013)

• Responsable local : Nadine Hilgert
• https://sites.google.com/site/enocprojetreversemodelling/
• Financé par le méta-programme MEM (Méta-génomique des Ecosystèmes Microbiens) de l’INRA, ce projet développe une approche multidisciplinaire partagée par des microbiologistes et mathématiciens pour une « ingénierie inverse » des données méta-génomiques pour la gestion de ressources microbiennes.

PIA ANR - Agropolis Fondation Labex AGRO / Projet Biolnh : Modélisation et optimisation de la bioconversion de matière première végétale en milieu inhomogène (2009-2010)

• Responsable local : Alain Rapaport
• MISTEA est co-leader avec l'UMR IATE du projet "BioInh" dans le cadre du programme "Computational Plants and Eco-Systems" lancé par la Fondation Agropolis, dont l'objectif est la modélisation mathématique et l'optimisation de la bioconversion de matières végétales en milieu inhomogène. Ce projet a financé le postdoc d'Alem Saddoud.

ANR ECOMIC-RMQS : Microbio-géographie à l'échelle de la France par application d'outils moléculaires au réseau français de mesures de la qualité des sols (2006-2009)

• Responsable local : Alain Rapaport
• https://anr.fr/Projet-ANR-06-BDIV-0011
• MISTEA est partenaire de l'ANR ECOMIC-RMQS qui a pour objectif de mieux définir et comprendre les processus qui génèrent et maintiennent la biodiversité microbienne des sols, et évaluer les impacts environnementaux, en utilisant des outils  de la biologie moléculaire, les statistiques et la modélisation. La thèse de Miled El Hajji a été partiellement financée par ce projet.

INRIA - CONICYT ECOLOMICRO: Dynamical Modeling of Microbial Ecosystems (2006-2007) et Modeling, control and optimization of bio-processes involved in waste-water treatment (2008-2009) 

• Responsable local : Alain Rapaport
• ECOLOMICRO est un projet international INRIA-Conycit lancé conjointement par MISTEA et CMM (Centro de Modelamiento Matematico, UMR CNRS Santiago du Chili) qui traite de l'estimation d'entrées inconnues dans les modèles de biorécateurs et du contrôle impulsif optimal pour les réacteurs fed-batch pour la bioremédiation d'eaux contaminées.

Action structurante INRA - Cemagref AQUAE : Durabilité et gestion quantitative de la ressource en eau : Commande de systèmes à retard (1999-2002)

• Responsable local: Alain Rapaport
• Dans le cadre de l'action structurante INRA-Cemagref "AQUAE", les unités MISTEA et G-EAU on proposé un projet de recherche méthodologique portant sur la durabilité dans le gestion de ressources hydriques présentant des retards importants entre l'exploitation et la recharge. Un logiciel libre a été développé dans ce cadre.

Coopération bilatérale France - UK : Programme alliance 1998 (1998-2000)

• Responsable local: Alain Rapaport
• Il s'agit d'un projet de coopération bilatérale entre MISTEA et l'Imperial College (Londres) portant sur la commande robuste de bioréacteurs de dépollution.