Cellule OpenSILEX

MISTEA développe la suite logicielle OpenSILEX (Système d’Information pour L’Expérimentation ) qui met en œuvre des méthodes originales de gestion de données pour l'exploitation de la sémantique, et adopte une architecture adaptée à l’hétérogénéité et aux volumes croissants de données.

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OpenSILEX est un ensemble de modules logiciels interopérables (structuration, visualisation, analyse, reproductibilité, etc.) qui permet la réalisation de systèmes d’information scientifiques dédiés à l’exploitation des données à grandes échelles en agronomie. Les instances d'OpenSILEX sont utilisées au quotidien par une dizaine d’unités de recherche dans le monde, des instituts techniques et partenariats (e.g., Terre-Inovia, IFV, FUI Pilotype, Moët-et-Chandon, Lallemand, Université d’Helsinki, Université de Copenhague), comme par exemples : 

 

 

 

  • PHIS (phénotypage végétal à haut débit),
  • Sixtine (unités expérimentales du végétal à INRAE),
  • SunAgri (agrophotovoltaïque),
  • Alfis (données de fermentation alcoolique),
  • Silex-VitiOeno (vin et viticulture), 
  • ENVIBIS (dépollution),
  • SIDURI (fermentation).

 

Grâce à des fonctionnalités concrètes de partage et de réutilisation des données, OpenSILEX favorise grandement le développement de la science ouverte et la création de valeur autour des données. L'instance PHIS, par exemple, s’est imposée comme une référence internationale pour la structuration et l’exploitation des données à grandes échelles produites par le phénotypage à haut débit avec les plateformes de Phénome ou d'EMPHASIS.

Le travail autour de OpenSILEX s’appuie sur des collaborations solides (INRIA, Université de Montpellier, I3S CNRS, WUR (NL), CNR (It), Univ Tokyo). Depuis 2015, une adaptation d'OpenSILEX est commercialisée l'entreprise BioEnTech qui s’est positionnée sur le marché du monitoring de méthaniseurs.

Contact

Voir aussi

Site Web OpenSILEX : www.opensilex.org

Projet GitHub : https://github.com/OpenSILEX 

Documentation OpenSILEX et PHIS : https://opensilex.github.io/phis-docs-community/ 

Dans ce dossier

Ce stage s’inscrit dans le domaine de la science reproductible et plus précisément dans la mise à disposition aux chercheurs, ingénieurs statisticiens d’un package R permettant l’accès au Système d’Information. Afin d’interroger et analyser les données, OpenSILEX propose un package R qui permet de se connecter à des services GraphQL du système d’information. L’objectif de ce stage est d'adapter une application en RShiny existante pour qu’elle utilise les données récupérées par ce package. Cette application facilite l'intégration et la visualisation des données d’OpenSILEX, et sera enrichie avec de nouvelles fonctionnalités d’analyses de données plus poussées (détection d’outliers, génération de rapport, etc.).