FONTEZ Bénédicte

Professeur en Science des données pour l'agronomie et l'agro-alimentaire

A. Responsabilités administratives et scientifiques

• Membre du CNESEERAV
• Responsable pédagogique apprentissage
• Co-responsable option ingénieur Data Science pour l'agronomie et l'agroalimentaire

B. Recherche

• Traitement des courbes (analyse, modélisation)
• Statistique Bayésienne
• Statistique non paramétrique

Participations passées à des Projets

• Specbio ADEME,    Indicateurs spectraux de qualité biologique des sols,     2009-2012   
• Phenome-emphasis Infrastructure Française,    MCP3: Méthodes et outils d'analyse de données phénomiques ,   2014-2024  
• Answer ANR franco-chinoise,     Analyse et simulation numérique d'écosystèmes aquatiques en réponse aux changements environnementaux anthropiques,    2017-2021  
• NV2 FUI ,   Maîtriser l'azote de la vigne à la cave, pour piloter le profil organique des vins,    2017-2021  
• TechCare H2020,    Integrating innovative TECHnologies along the value Chain to improve small ruminant welfARE management,    2020-2024

Collaborations en cours

• Biomodèle et Bio-solutions : UMR PHIM (projet et thèse sur financement #DigitAG et Institut Agro)
• Elevage numérique : UMR SYSTEL (+ Université de Kyoto)

C. Enseignement

• Statistique inférentielle
• Modèles linéaire et non linéaire
• Analyse des données
• Modèles mixtes
• Statistiques appliquées avec le logiciel R
• Introduction au Deep Learning (R et Python)

Projets en cours

Newclim, 2023-2026 Erasmus+ - Cooperation Partnership for higher education : New trainings to manage climatic and ecological transitions in perennial fruit crops. (460 000).

AgriTech EU, 2023-2027 Digital Europe Programme - Advanced digital skills: Digital agriculture for sustainable development. (3,5 millions).

ISDM, la clinique des données pour et par les étudiants

D. Co-encadrements de thèse

• Pauline Dusfour - Castan    2024-2027    Vers un prototype d'expérimentation on Farm des effets des produits de biocontrôle sur le blé, approche par modèle numérique    
• Girault Gnanguenon Guesse    2017-2021    Identification des effets combinés de deux variables explicatives fonctionnelles, en poste actuellement : Statisticien, Agence Lebesgue, Rennes
• Khadidja Megueleti    2017-2019    version parallélisée du DPM afin de pouvoir classer des données multivariées, des courbes etc. issues de grands jeux de données  
• Nikolay Sirakov    2014-2016    Modélisation de la dynamique de population du palmier Babassu au Brésil, en poste actuellement :   IRD, gestion bases de données Montpellier
• Constance Vagne    2011-2014    Gestion d’une population de pre-breeding d’une espèce autogame allopolyploïde, en présence d’interactions génétiques, en poste actuellement :  Bioinformaticienne Innate Pharma, Marseille
• Damien Juery    2011-2014    Classification bayésienne non supervisée de données fonctionnelles en présence de covariables, en poste actuellement :  Data Scientist Vitasprint, Barcelone
• Martial Durbec    2006-2010    Ecologie et biologie de deux espèces de cyprinidés (Durance), en poste actuellement : Fédération de pêche de l'Aveyron

E. Publications

1. B. Fontez, P. Loisel, T. Simonneau, N. Hilgert. (2024) An exploratory penalized regression to identify combined effects of functional variables -Application to agri-environmental issues. Biometrics, 80, no 4, https://doi.org/10.1093/biomtc/ujae134
2. S. Vrignon-Brenas, B. Fontez, D. Caboulet, G. Ruetsch, O. Demarle, A. Metay, A. Pellegrino, (2024) How to combine soil and plant indicators to manage nitrogen fertilisation in vineyards? Heliyon, 10, no 21, https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e40099
3. Cloez, Bertrand, Fontez, Bénédicte, González-García, Eliel and Sanchez, Isabelle. (2024) "Kalman filter with impulse noised outliers: a robust sequential algorithm to filter data with a large number of outliers" The International Journal of Biostatistics, 20, no 2, https://doi.org/10.1515/ijb-2023-0065
4. Alice Argentero, Soline Caillé, Floriano Joaquim Engenheiro, Bénédicte Fontez, Peggy Rigou, Laetitia Mouls (2024). Exploring red wine typicity of Corbières: evaluation of impact of winemaking process on the chemical composition and organoleptic properties of wines from different terroirs. OENO One, 58, no 3, https://oeno-one.eu/article/view/7921 , https://doi.org/10.20870/oeno-one.2024.58.3.7921
5. Wilhelm de Almeida L., Pellegrino A., Fontez B., Torregrosa L. and Ojeda H. (2024) New fungus disease-tolerant grapevine varieties response to drought under a semi-arid climate. Exploring red wine typicity of Corbières: evaluation of impact of winemaking process on the chemical composition and organoleptic properties of wines from different terroirsOenoOne.
6. Wilhelm de Almeida, L., Pellegrino, A., Fontez, B., Torregrosa, L., & Ojeda, H. (2023). Short and long-term acclimation to water status at leaf and plant level of fungus-tolerant genotypes: This article is published in cooperation with the 22nd GiESCO International Meeting, hosted by Cornell University in Ithaca, NY, July 17-21, 2023. OENO One, 57(2), 203–218. https://doi.org/10.20870/oeno-one.2023.57.2.7431
7. Guzmán Penella, Santiago, Renaud Boulanger, Isabelle Maraval, Gabi Kopp, Marcello Corno, Bénédicte Fontez, and Angélique Fontana. (2023). "Link between Flavor Perception and Volatile Compound Composition of Dark Chocolates Derived from Trinitario Cocoa Beans from Dominican Republic" Molecules 28, no. 9: 3805. https://doi.org/10.3390/molecules28093805   
8. B Cloez, T Daufresne, M Kerioui,B. Fontez (2023) A bayesian version of Galton-Watson for population growth and its use in the management of small population. MathematicS In Action, 12, no 1, https://doi.org/10.5802/msia.31
9. Sylvain Vrignon-Brenas, Bénédicte Fontez, Anne Bisson, Gaelle Rolland, Jérôme Chopard, Damien Fumey, Aurélie Metay, Anne Pellegrino. (2021) Combining pluriannual dynamics and Bayesian approach to analyze grapevine growth and storage as a function of nitrogen supply, Journal of Experimental Botany, October 2021; https://doi.org/10.1093/jxb/erab469
10. Gouyo T., Mestres C., Maraval I., Fontez B., Hofleitner C., Bohuon P. (2020) Assessment of acoustic-mechanical measurements for texture of French fries: Comparison of deep-fat frying and air frying. Food Research International, Volume 131, May 2020. https://doi.org/10.1016/j.foodres.2019.108947
11. Meguelati K., Fontez B., Hilgert N., Masseglia F.  and Sanchez I. (2020) Massively Distributed Clustering via Dirichlet Process Mixture. ECML-PKDD 2020 - The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases 2020, Septembre 2020, Ghent, Belgique. Paper Track Demonstration.
12.  Meguelati, K., Fontez, B., Hilgert, N., Masseglia, F. (2019) High Dimensional Data Clustering by means of Distributed Dirichlet Process Mixture Models. IEEE Big Data 2019 - IEEE International Conference on Big Data, Dec 2019, Los-Angeles, United States. ⟨lirmm-02364411⟩
13. Meguelati K., Fontez B., Hilgert N., Masseglia F. (2019) Dirichlet Process Mixture Models made Scalable and Effective by means of Massive Distribution. SAC 2019 - 34th Symposium On Applied Computing, Apr 2019, Limassol, Cyprus. pp.502-509, ⟨10.1145/3297280.3297327⟩. ⟨hal-01999453⟩
14. Sirakov, N., Fontez, B., Libourel, T., Dos Santos, A., Mitja, D., Loisel P. (2019) A stage structured hierarchical Bayes model for the babassu palm tree population dynamics Estimated from anthropogenic open area data sets. Ecological Modelling, 400: 14-26
15. Vagne C., David J., Tavaud M., Fontez B. (2015) Reciprocal sign epistasis and truncation selection: when is recombination favorable in a pre-breeding program with a selfing species? Journal of Theoretical Biology, 386: 44-54
16. Fontez B., Cavalli L. (2014) Bayesian hierarchical model used to analyze regression between fish body size and scale size: application to rare fish species Zingel asper. Knowledge and management of aquatic ecosystem, 413, 10.
17. Juery D., Abraham C., Fontez B. (2014) Unsupervised bayesian clustering for functional data. Journal de la société française de statistique, 155(2): 185-201.
18. Affholder M-C., Prudent P., Masotti V., Coulomb B., Rabier J., Nguyen-The B., Laffont-Schwob I. (2013) Transfer of metals and metalloids from soil to shoots in wild rosemary (Rosmarinus officinalis L.) growing on a former lead smelter site: Human exposure risk. Science of the Total Environment 454-455 pp. 219–229.
19. Dorisca S., Durrieu de madron L., Fontez B., Giraud A., Riera B. (2011). Établissement d’équations entre le diamètre et le volume total de bois des arbres, adaptées au Cameroun. Bois et forêts des tropiques, 308 (2), pp. 87-95.
20. Durbec M., Nguyen The B., Grey J., Harrod C., Stolzenberg N., Chappaz R., Cavalli L. (2010). Biological influences on inter- and intraspecific isotopic variability among paired chondrostome fishes. Comptes Rendus Biologies, 333 (8), pp. 613-621. doi:10.1016/j.crvi.2010.05.002
21. Durbec M., Cavalli L., Grey J., Chappaz  R. & Nguyen The B. (2010). The use of stable isotopes to trace small scale movements by two Cyprinid fish species (Leuciscus souffia and Alburnoides bipunctatus) in the Durance river (France S.E.). Hydrobiologia DOI 10.1007/s10750-009-0051-z.
22. Stolzenberg N, Nguyen The B, Salducci M.D., Cavalli L. (2009). Influence of environment and mitochondrial heritage on the ecological characteristics of fish in a hybrid zone. PLoS ONE 4(6): e5962. doi:10.1371/journal.pone.0005962.
23. Rifflart R., Carrel G., Le Coarer Y. et Nguyen The B. (2009). Spatio-temporal patterns of fish assemblages in a large regulated alluvial river. Freshwater Biology 54: 1544-1559.
24. Lailler R., Sanaa M., Chadoeuf J., Fontez B., Brisabois A., Colmin C, Millemann Y. (2005). Prevalence of multidrug resistant (MDR) Salmonella in bovine dairy herds in western France. Preventive Veterinary Medicine, 70 (3-4), pp 177-189.
25. Ducharme GR. et Fontez B. (2004). A smooth test of goodness-of-fit for growth curves and monotonic nonlinear regression models. Biometrics, 60 (4), pp. 977-986.
26. Fontez B. et Ducharme G. (2004). Test d’adéquation en régression non-linéaire, cas des fonctions monotones. Compte-rendu de l’Académie des Sciences, Série I, 338, pp 317-320.
27. Durrieu de Madron L., Fontez B., Dipapoundji B. (2000). Dégâts d’exploitation et de débardage en fonction de l’intensité de l’exploitation en forêt dense humide d’Afrique centrale. Bois et forêts des tropiques, N°264 (2), pp 57-60.